Zakład Optyki Atomowej IFUJ został utworzony w 1962 roku.

Pierwszym kierownikiem była prof. Maria Danuta Kunisz. Tematyką którą wówczas zajmował się Zakład były pomiary stałych struktury atomów - początkowo metodami klasycznymi. Ewoluowała ona następnie w kierunku metod związanych z pompowaniem optycznym, a jeszcze później technikami laserowymi. Doprowadziło to w naturalny sposób do zajęcia się szeregiem problemów optyki kwantowej, nieliniowej fizyki cząsteczek, a obecnie zimnych atomów. Wyrósł też zespół teoretyków zajmujących się problemami optyki kwantowej i chaosu. Cały czas utrzymywana jest pierwotna tematyka Zakładu, realizowana obecnie przez grupę zajmującą się spektroskopią plazmy i teoretycznymi obliczeniami struktur atomowych.

Po śmierci prof. Danuty Kunisz w 1979 roku, kierownikiem Zakładu został prof. Tomasz Dohnalik, który z przerwą w latach 1991-1994 gdy Zakładem kierował prof. Wojciech Gawlik, pełni tę funkcje do chwili obecnej.